سیستم پایا به گونه‌ای طراحی شده که می‌تواند دستور پرداخت‌های متعدد را از جانب بانک مبدا دریافت، پردازش و برای انجام به بانک‌های مقصد ارسال کند. به گزارش ایبِنا، همچنین بانک‌ها نیز می‌توانند دستور پرداخت‌های مشتریان خویش را به صورت انفرادی یا انبوه، دریافت و برای پایاپای و انجام در بانک‌های مقصد به «پایا»